Réalisant notamment le suivi des populations de poissons du Boiron de Morges depuis plus de 20 ans, l’équipe de La Maison de la Rivière possède une large expertise dans la pratique de la pêche électrique (quantitative, par bandes ou par points). Elle organise des formations depuis 2012.
Les pêches électriques permettent, en effectuant des prélèvements sur la même station sur le long terme, de mettre en évidence l’amélioration (ou la dégradation) des peuplements piscicoles, par exemple à la suite d’actions de renaturation, de suppression d’obstacles à la migration, d’amélioration de l’habitat ou encore d’amélioration de la qualité de l’eau. Elles relèvent également la présence ou l’absence de certaines espèces clés, ainsi que la présence d’espèces invasives.

La présence de frayères dans le cours d’eau atteste de conditions favorables à la reproduction des poissons et informe sur l’état de santé des populations piscicoles. Observer l’évolution des surfaces de frayères au cours du temps permet d'obtenir de grandes informations quant à l’état de santé du cours d’eau pour la reproduction, ainsi que l’impact des crues.

L’utilisation de la méthode ETF (egg-to-fry) kit permet de mesurer le taux de survie et de quantifier la réussite de la reproduction naturelle des salmonidés dans les cours d’eau. Lorsque celle-ci n'est pas bonne, la méthode permet alors de mettre en lumière les causes empêchant un bon succès de reproduction et les moments où ont lieu les pertes. Il est ainsi possible d’apporter des corrections qui permettront d’améliorer la situation.
Cette méthode, brevetée par La Maison de la Rivière, a été utilisée à de nombreuses reprises, notamment dans les affluents du Léman, ceux de la Sarine et du Rhône pour la truite commune, en Slovénie pour la truite marbrée, en Suède pour la truite de mer et à la Vallée de Joux pour les ombres de rivière.

Pour apporter des solutions concrètes et adaptées pour la protection des poissons, il est important de bien connaitre leur mode de vie et leur comportement. Le marquage par PIT-tag permet de connaître les déplacements des poissons et le temps passé à certains endroits. C’est une méthode particulièrement intéressante sur les poissons effectuant de grands déplacements au sein d’une rivière, ou d’un lac à une rivière. Il est ainsi possible de mettre en évidence d’éventuels obstacles à la migration piscicole et de les assainir.

La connaissance de l’âge des poissons peut être d’une grande importance dans le cadre d’études visant, par exemple, à évaluer la santé d’une population, les effets sur le long terme d’une pollution, l’efficacité d’un ouvrage pour la migration piscicole ou encore l’efficacité d’un repeuplement.
Les écailles sont alors utilisées pour déterminer l'âge des poissons. En cas d'anomalie dans la répartition des différentes classes d'âges au sein de la population, il est possible de cerner divers facteurs influents afin de prendre des mesures. A l’inverse, la méthode peut permettre de contrôler l’efficacité de mesures déjà mises en place.

La méthode IBCH (Indice biologique pour la Suisse) permet d’évaluer un cours d’eau de façon rapide et globale afin de le catégoriser sur une échelle de classes de qualité. Des perturbations liées à la qualité de l’eau, à l’habitat ou au régime hydrologique peuvent notamment être mises en évidence par cette méthode.
En effectuant des prélèvements sur la même station sur le long terme, l’amélioration (ou la dégradation) de la qualité biologique de l’eau peut être mise en évidence, par exemple à la suite d’actions de renaturation ou de limitation des substances polluantes.
En comparant les résultats obtenus entre plusieurs stations le long d’un même cours d’eau, la méthode IBCH peut révéler l’arrivée d’une source polluante et permettre de l'assainir.

La température de l’eau est un paramètre abiotique prépondérant dans le fonctionnement des écosystèmes aquatiques. De nombreux processus chimiques et biologiques sont dépendants de la température, comme la concentration en oxygène, la favorisation de certaines maladies, la croissance des plantes et les conditions physiologiques des poissons par exemple. Un suivi thermique se justifie dans de nombreuses situations.
Dans le cas des barrages hydroélectriques par exemple, la variation soudaine de la température suite à l’ouverture des vannes peut engendrer un stress important chez les organismes aquatiques. La problématique du développement des algues est aussi fonction de la température.
La Maison de la Rivière possède une forte expérience dans la mise en place de réseaux d’enregistreurs de température, avec plus de 100 stations échantillonnées depuis dix ans.